Oktober 2007
Malaysia menggunakan lagu Rasa Sayange dalam iklan promosi wisata
Agustus 2008
Wasit Karate asal Indonesia Donald Pieter Luther Kolopita dianiaya oleh Polisi Malaysia
Oktober 2008
Malaysia sering melanggar perairan milik Indonesia di Ambalat
Juni 2009
Kontroversi model Manohara Odelia Pinot, yang dianiaya Pangeran Tengku Moh Fakhry dari Malaysia
Juni 2009
Indonesia menghentikan sementara pengiriman TKI sampai Malaysia menyepakati syarat-syarat perlindungan pekerja
Agustus 2009
Muncul rentetan klaim Malaysia terhadap Batik, Reog, dan juga Tari pendet hingga menuai protes keras di Indonesia
Agustus 2009
Muncul Tudingan bahwa lagu kebangsaan Malaysia NEGARAKU adalah jiplakan dari lagu asal Indonesia " Terang Boelan "
